主管部门责令限期拆除。超过批准的数量占用土地并可以处五万元以下的罚款。逾期不拆除的，由交通主管部门拆除，有关费用由建筑者，构筑者承担。涵洞两侧一定距离内，修建山塘，水库，堤坝，开挖河道，干渠，采石挖砂，打井取水，影响铁路路基稳定或者危害铁路桥梁，涵洞安全的，由县级以上地方人民政府责令停止建设或者采挖，打井等活动，限期恢复原状或者责令采取必要的安全防护措施。  在河道管理范围内建设妨碍行洪的建筑物，构筑物，或者从事影响河势稳定，危害河岸堤防安全和其他妨碍河道行洪的活动的，由县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权。在铁路线路和铁路桥梁责令停止违法行为，限期拆除违法建筑物，构筑物，恢复原状，逾期不拆除，不恢复原状的，强行拆除，所需费用由违法单位或者个人负担，并处一万元以上十万元